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加熱型磁力攪拌器主要應用于化學合成、分析化學和生命科學領域。對于加熱功能，客戶往往比較關注的加熱速度、控制溫度過沖和維持溫度穩定性的能力，但加熱速度和控制溫度過沖是一對不可調和的矛盾，尤其是在開放的環境中針對不同介質、不同體積的應用，這對矛盾顯得加難以平衡。為了能夠適應多客戶不同應用的需求，全球的該類產品生產商都采用了類似的折中的控制方法------允許次達到目標溫度時有一定程度的溫度過沖，之后不再允許有任何大幅度溫度過沖，并且盡快形成只在目標溫度附近小的震蕩，這也必然導致了這類產品在同時追求加熱速度和控制溫度過沖時，無法達到合適的標準。同樣的實驗條件下，分別利用兩種體積的水和兩種體積的硅油作為加熱介質，體積越小，達到目標溫度所需時間越短，溫度過沖越大。
一般情況下，環境溫度、容器表面積/體積、被加熱介質比熱容、室內氣流大小、目標溫度與外環境溫差等都會對加熱速度、控制溫度過沖和維持溫度穩定性產生影響，因此，對于部分研究人員嚴格要求控制次溫度過沖，在應用中可以采用以下方式：（1）待被加熱介質溫度穩定后放置樣品；（2）將加熱溫度設置為低于目標溫度約10℃左右，待溫度穩定后，再將設置溫度逐漸調至所需的目標溫度值。
而對于另一部分研究人員要求快速達到目標溫度，并不計較次溫度過沖時，建議在應用中采用另外方式：（1）在加熱過程中采用一些保溫措施，如加上蓋子等；（2）將設置溫度值設置高于目標值，待被加熱介質接近目標溫度時，降低設置溫度到目標值。
為了達到佳的熱傳遞效果（1）盡量使用與儀器盤面尺寸大小相近的容器；（2）盡量保證容器底面與加熱盤面完全貼合。
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